Институт принимает активное участие в деятельности различных органов федеральной и региональной государственной власти. Руководство института и его ведущие сотрудники являются членами:
В рамках взаимодействия с органами местного самоуправления, прежде всего Сибири и Дальнего Востока, сотрудники института ведут активную работу по содействию в развитии муниципальных образований. Ярким примером такого рода работы может служить деятельность Ассоциации сибирских и дальневосточных городов, в создании которой институт принял непосредственное участие. Сотрудники института участвуют в создании программ развития муниципальных образований, проводят консультации и методическую работу с сотрудниками муниципалитетов. Также проводится мониторинг социально-экономической ситуации в муниципальных образованиях России с целью оценки динамики ситуации, выявления проблем, возникающих в муниципальных образованиях в современных условиях, подходов к их решению на местах, а также изменений в деятельности органов местного самоуправления и направлений совершенствования системы местного самоуправления.
Результаты сотрудничества и взаимодействия Института с органами государственной и муниципальной власти находят наиболее зримое воплощение в разработке стратегий и программ социально-экономического развития регионов и городов (Стратегия социально-экономического развития Сибири, Стратегии социально-экономического развития Новосибирской области, Красноярского края, г. Новосибирска, г. Бердска, других субъектов Федерации и муниципальных образований).